厦门市档案局成立于1960年。1963年，厦门市人民委员会设立厦门市档案馆，与市档案局合署办公。1996年，经中共厦门市委、厦门市人民政府批准，厦门市档案局与厦门市档案馆合并，一个机构，挂厦门市档案局、厦门市档案馆两块牌子，履行全市档案事业行政管理和市级各机关、团体及其所属单位的档案接收、征集、保管、利用两种职能，为市委市政府直属机构，由中共厦门市委直接管理。